Escribo el post medio enojado con los "wp gurúes" y bloggers seguidos por muchos webmasters porque supuestamente "saben mucho", aunque solo se dediquen a recopilar enlaces en delicious.
Estuve mirando un par de sitios que han hablado sobre el rel="canonical", y que, o han dicho de Instalar un plugin WTF! un plugin para una etiqueta de mierda?, o han dicho de modificar el functions.php para nose que.
No entiendo si esta gente no tiene ganas de investigar un poco, si es tonta, si escribe por escribir, o simplemente se quieren hacer los que entienden sobre el tema agregando código que se puede simplificar el 80%.
Volviendo al tema y escribiendo un poco más en serio:
Google, en conjunto con Live Bing, ask y Yahoo han lanzado hace un tiempito la etiqueta "canonical".
Para los que no saben que hace esta etiqueta:
Poniendo rel="canonical" en una url le estás diciendo a los robots que la url esa es la verdadera, un ejemplo gráfico:
Para el artículo sobre el NoFollow y NoIndex, la url canónical es http://wordpress-hacks.com/nofollow-noindex-noarchive-y-mas-desde-el-header.php
Mientras que hay tags y una categoría que tienen lo mismo:
http://wordpress-hacks.com/cat/tips
http://wordpress-hacks.com/tag/noarchive
http://wordpress-hacks.com/tag/noindex
http://wordpress-hacks.com/tag/nofollow
Es para combatir un poco el contenido duplicado.
¿Como hacer esto sin plugins ni códigos raros?
Muy fácil, agregando el código que pongo abajo en el header.php, antes de </head>
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<?php if ( is_home()) { ?>
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<link rel="canonical" href="<?php echo bloginfo('url'); ?>/" />
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<?php } ?>
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<?php if ( is_single()) { ?>
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<link rel="canonical" href="<?php echo get_permalink(); ?>"/>
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<?php } ?>
La explicación del código: (aunque creo que está de más)
La primer parte dice que si es home, muestre la url del sitio con rel="canonical".
La segunda, si es single, o sea un artículo, muestra la url del mismo con rel="canonical".
Atención con la terminación de la url de home. El código que les pasé es para las urls terminadas en "/", ejemplo http://wordpress-hacks.com/
Si su sitio es por ejemplo: http://wordpress-hacks.com sin la "/" al final, saquen ese caracter 
Pd: Ya se que con el plugin malo de all in one seo pack se hace con un par de clicks, pero como lo detesto, jamás lo recomendaría para hacer nada.
Pd2: si alguien se sintió aludido que se cague.